Jabatan Pengairan Dan Saliran Wilayah Persekutuan Labuan ( JPSWPL )  telah ditubuhkan pada sekitar tahun 1991.  Jabatan ini mula beroperasi di Wilayah Persekutuan Labuan berpejabat di di Bangunan Jabatan Kerja Raya W.P Labuan, Kampung Jawa. Penubuhan Jabatan ini pada masa tersebut adalah di bawah Jabatan Pengairan Saliran Wilayah Kuala Lumpur di mana semua urusan kerja spt perbelanjaan,pengurusan projek, perlantikan serta sebagainya diuruskan melalui JPS Wilayah Kuala Lumpur. Pada masa tersebut, Pengarah JPS Kuala Lumpur adalah bertanggungjawab penuh terhadap perjalanan kerja dan tugas di JPS Labuan.

Pada tahun 1993, pejabat JPS Labuan telah berpindah dan beroperasi penuh di Bangunan Saguking, Patau-Patau WP Labuan. Jabatan ini telah beroperasi di Pejabat tersebut selama 8 tahun. Pada tahun 2000, Pejabat JPS Labuan telah berpindah sekali lagi ke Alamat Blok4, Tingkat 5, Kompleks Ujana Kewangan dan sehingga kini.

Menjadi catatan sejarah dalam dairi Jabatan Pengairan Dan Saliran apabila pada tahun 2006, JPS Labuan telah menjadi satu Pejabat Negeri dan bukan lagi di bawah JPS Wilayah Kuala Lumpur. Semua urusan kerja diuruskan sendiri oleh pejabat ini.

Sepanjang penubuhan JPS Labuan, seramai 5 orang Jurutera telah dilantik untuk menjadi Jurutera Kanan, Pengarah JPS Labuan dan Memangku Pengarah JPS Labuan. Mereka ialah :

1991 – Encik Rasdi Bin Yakob ( Jurutera Kanan )

1995 – Hj. Azmi Bin Ahmad ( Jurutera Kanan )

1997 – Encik Radzi Bin Mustapa ( Pengarah )

2000 – Encik Azmi Bin Amat( Memangku Tugas Pengarah )

2001 – Ir. Nirsad Bin Mohd Shaffy ( Pengarah )

2006 – Encik Azmi Bin Amat ( Memangku Tugas Pengarah )

2007 -  Encik Shahrunizam Bin Mashkor ( Pengarah )

2008 – Encik Azmi Bin Amat ( Pengarah )